R-TYPE #2巨大戦艦 ボス・グリーンインフェルノ
一画面に収まりきらない巨大戦艦とステージを通して戦闘するステージ。無数の砲台や分離するパーツが脅威。このステージは中盤の復活ポイントが存在しないため、ミス時はステージの最初から再開となる。
巣 ボス・ベルメイト
巨大蛇のムーラが上下の茂みから出現する。後半はムーラとレーザーを撃つ敵との混合攻撃になっている。ボスは多数の肉塊(タコ)を身に着けて本体を守っており、またその肉塊を飛ばして攻撃する。本体は規則性を持たない動きをするため、装備が少ない時は難敵。