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　国立公文書館が今回公開した文書２８９１件の大半は、過去に一部が公開された文書の墨塗りなどを解除して再公開したものだ。完全非公開だったのは約３００件。全部で約３６００件あるとされる。

　しかも、機密文書のうち研究家たちが注目していた、暗殺犯として逮捕されたリー・ハーベイ・オズワルド容疑者と事件前から接触があったと指摘されている当時のＣＩＡダラス支局長、Ｊ・ウォルトン・ムーア氏に関する記録や、同容疑者が事件前にメキシコ市のソ連大使館などを訪れ、ソ連への再亡命を図った事実の詳細を解明する資料などは公開が保留された。

　暗殺事件の翌年、「ウォーレン委員会」と呼ばれる事件の調査委員会がオズワルド容疑者による単独**と結論づけた報告書に関しては、同容疑者がキューバとのつながりがあったことから、同国のカストロ国家評議会議長の暗殺を何度も試みてきたＣＩＡが、暗殺はキューバによる報復と見なされるのを恐れて同委に対して情報操作を行ったことがＣＩＡ自身の内部研究で確認されている。