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中堀豊・徳島大学教授らの研究グループによれば、Ｙ染色体のＹＡＰ多型は東アジアでは日本人にしか見られず、昔からいた人たち特有のものと考えられている。
アイヌ人、沖縄人で頻度が高い。アイヌ民族の８８％にＹＡＰ＋がみられるという。
朝鮮や中国には完全にない遺伝子で、ユーラシアでもほとんど見つからず、日本以外で唯一見つかるのはチベットだけであるという。
YAP因子はY染色体のDNAのある特定の場所に挿入された、およそ300の塩基からなる特定遺伝子を、
Y染色体を形成するDNAは父から息子へと遺伝していく。
ＹＡＰ因子は代々縄文人の男系男子に受け継がれてきた。
このことから、ＹＡＰがあるのが縄文系男性、ないのが弥生系男性と判断できると結論づけている。