À la fin du XIXème siècle, Arthur Kipps, un jeune clerc de notaire anglais, veuf et père d'un petit garçon, est envoyé en mission dans un village du nord-est de l'Angleterre, pour régler la succession d'une cliente décédée. A peine arrivé, il doit faire face à l'hostilité des villageois, qui ne souhaitent qu'une chose : le voir repartir au plus vite. Alors qu'il cherche à récupérer des documents dans la demeure abandonnée de Eel Marsh, où résidait sa cliente, il remarque dans le cimetière attenant la présence d'une femme habillée de noir, et entend des appels à l'aide provenant des marais. Il découvre alors que Nathaniel, le fils de la propriétaire, s'est noyé dans ces marécages plusieurs années auparavant et que son corps n'a jamais été retrouvé.