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http://www.apowersoft.jp/turn-flac-to-m4a.html

このビデオはWindowsとMac両方で使えるFLAC M4A変換の方法について説明したものです。iOSデバイスはFlacファイルをサポートしないので、常にM4Aに変換する必要があります。

より詳しい説明は上記の記事にてご参考ください。